În data de 21 iulie, cu ocazia vizitei întreprinse de primul ministru Victor Ponta la Miercurea-Ciuc, steagul judeţului a fost îndepărtat din sala de şedinţe.
În data de 25 noiembrie 2009, Consiliul Judeţean Harghita a adoptat cu majoritate de voturi ca steagul oficial al judeţului să fie reprezentat de un steag pe fond albastru, cu dungi aurii, pe care sunt reprezentate soarele şi luna. „De acum încolo nimeni nu poate îndepărta acest steag în judeţul Harghita, deoarece consiliul judeţean a hotărât ca acesta să fie steagul oficial al judeţului”, a afirmat atunci Borboly Csaba, preşedintele consiliului judeţean.
Deşi cu ocazia arborării oficiale a steagului judeţului care a avut loc în data de 15 martie 2010, a fost depusă o plângere la Consiliul Naţional pentru Combaterea Discriminării, conform deciziei acestui consiliu, steagul nu reprezintă niciun fel de discriminare şi poate fi folosit în mod liber. Din aceste considerente, cu ocazia vizitei întreprinse de primul ministru Victor Ponta în judeţ, pentru preşedintele consiliului judeţean este o situaţie de neînţeles îndepărtarea steagului judeţului din sala de şedinţe a consiliului judeţean. Borboly Csaba a ţinut să menţioneze că îndepărtarea steagului din sala de şedinţe s-a făcut fără ştirea şi consimţământul său. Pentru ca astfel de situaţii cu privire la însemnele oficiale ale judeţului să nu se mai repete, preşedintele consiliului judeţean va lua toate măsurile necesare pentru ca acesta să nu mai poată fi îndepărtat. Din punctul de vedere al lui Borboly Csaba, aceste acţiuni au fost întreprinse de persoane rău-intenţionate care vor să dăuneze colaborării româno-maghiare.